En el año 2003 un grupo de empresarios deportivos creó Deportivo Sur de Bogotá; una visión deportiva que buscaba llegar al fútbol profesional colombiano. Participó en las categorías Sub21 y Primera C. Así, al adquirir la ficha del Cóndor FC, surge Corporación Deportiva Bogotá Fútbol Club. Para finalmente consolidarse, en 2012, como Bogotá Fútbol Club S.A., el cual participa en dos de los torneos profesionales más importantes en Colombia: el Torneo Águila y la Copa Águila.
Alberto Gamero, Juan Carlos Grueso, Fabián Martínez, William Libreros, Oswaldo Duran, Fernando Velasco, Hernán Pacheco, Néstor Rodríguez, German Morales y Alejandro Arboleda, han sido los técnicos que han pasado por el Bogotá Fútbol Club y con los cuales se han forjado baluartes gracias a este proceso de formación.
El Bogotá Fútbol Club cuenta con jugadores reconocidos que ahora se encuentran en clubes de primera división de Colombia y Sudamérica, tal es el caso de: Wilder Guisao (Racing Club, Argentina), Wilberto Cosme (Real Garcilaso, Perú), Cristian Dajome (Atlético Nacional), Andrés Ibargüen (Atlético Nacional), Andrés Felipe Mosquera Marmolejo (Bucaramanga), Jair Palacios (Bucaramanga), David Silva (Millonarios FC), Yilmar Angulo (Millonarios FC), entre otros. Además, la institución ha formado jugadores selección Colombia en sus diferentes categorías tales como: Andrés Felipe Mosquera Marmolejo (2012), Aldayr Hernandez (2014-2015), Yasser Chavez (2014-2015), Luis Angel Díaz (2015) y Jader Valencia (2014-2015), Cristian Dajome (2016), Jeisson Quiñones (2016). Ellos son producto del trabajo realizado por parte de entrenadores, preparadores físicos, médicos, nutricionistas, psicólogos y demás profesionales que hacen parte del grupo técnico de la institución.
El gestor de la historia del Bogotá Fútbol Club es el empresario Colombiano, Ferney Perdomo, quién, de manera paralela a su actividad comercial, se encargó de estructurar y convertir en realidad el sueño de formar un club que llevara, orgullosamente a nivel nacional e internacional, el nombre y los colores de Bogotá, la capital colombiana.
Uno de los objetivos más importantes desde el inicio del Club ha sido la formación de jugadores íntegros en todas las divisiones para la participación en los torneos organizados por la División Mayor del Fútbol Colombiano (DIMAYOR) en fútbol profesional. Después de algunos años de adaptación a la categoría, a partir del 2007 y hasta la fecha, el Bogotá Fútbol Club se ha convertido en protagonista de las finales de los torneos de la segunda división en búsqueda del ascenso a la primera categoría de fútbol colombiano.
Además, de los logros en el ámbito deportivo el Bogotá Fútbol Club ha trabajado y trabaja día a día por convertirse en una institución ejemplar que aporte en todos los aspectos posibles al crecimiento de la ciudad de Bogotá, en ese sentido ha empezado a desplegarse por varios lugares de la ciudad para llevar mensajes de ejemplo y motivación a muchos de los jóvenes y niños de la capital. El Bogotá Fútbol Club es una institución que está totalmente comprometida con la capital colombiana.
Actualmente el equipo juega sus partidos de local en el Estadio Metropolitano de Techo de Bogotá y realiza sus entrenamientos en la Concentración Deportiva Maracaná.
Algunos datos históricos del Bogotá F.C
* Goleador Histórico del Bogotá Fútbol Club: Wilberto Cosme 75 goles.
* Primer jugador del ascenso convocado a Selección Colombia – Categoría Mayores: Andrés Felipe Mosquera Marmolejo – Octubre 2010, Amistosos vs. Sudáfrica y Nigeria.
Jugadores de experiencia nacional e internacional que fueron parte del Bogotá Fútbol Club: Marcio Cruz, John Mario Ramírez, Raúl Ramírez Gacha, Harry Castillo, Víctor Danilo Pacheco, Orlando Ballesteros, Herly Alcazar, Luis Alberto Asprilla.