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El embrión se origina a partir del cigoto. El conjunto de procesos fisiológicos que conducen a la transformación de una sola célula, el cigoto, en un individuo multicelular más complejo —el embrión— contenido en la semilla madura se denomina embriogénesis. Requiere de fina regulación de multitud de elementos de desarrollo, que conducen a la elaboración de morfologías básicas (morfogénesis), el establecimiento de estructuras funcionalmente organizadas (organogénesis) y la diferenciación tisular. Además, debe generar las estructuras elementales de crecimiento activo en los sistemas modulares que son las plantas, esto es, los meristemos, así como las funciones necesarias para la ulterior supervivencia del embrión, como son la quiescencia y la germinación.1​ Como organismo modelo los fisiólogos vegetales han empleado a la pequeña crucífera Arabidopsis thaliana, cuya embriogénesis ha sido profusamente estudiada y compartimentalizada en estadios conceptuales:1​ Estado de cigoto. Inicial, es el resultado de la fusión de la oósfera con uno de los núcleos generativos del grano de polen. Estado globular. Estado de ocho células generadas tras la primera división cigótica asimétrica. Estado cordiforme. Aquel donde se diferencian dos lugares de división activa, lo que serán los futuros cotiledones. Estado torpedo. Debido a la elongación celular en el eje longitudinal del embrión y por expansión de los cotiledones. Estado maduro. Tras la pérdida de agua e iniciación de un estado quiescente.

Del grano de las plantas y de sus frutos sale directa o indirectamente casi todo lo que comemos. Esto es así porque las plantas almacenan en sus semillas lo que necesitan para sobrevivir cuando germinan. Y dentro de la semilla se encuentra el embrión de la planta ya formado a punto para aprovechar estas reservas.

Conocer como se forma este embrión es esencial para entender como un organismo vegetal se forma tras la polinización del óvulo, igual como conocemos a entender como un organismo animal se forma tras la fecundación. Pero además necesitamos poseer este conocimiento si queremos aprovechar de la mejor manera posible este eficiente reactor biológico que son las semillas de las plantas

Por ello tras la fecundación del óvulo el embrión comienza a formarse pero, a diferencia de lo que ocurre en los animales, en las plantas su crecimiento se detiene, el embrión se rodea de sustancias de reserva y el grano se seca para poder resistir ya sea la muerte de la planta madre, la estación fría o un viaje a cierta distancia. De hecho en muchas plantas no perennes la madre agota sus reservas hasta la extenuación y la muerte para que los embriones hijos le sobrevivan en las mejores condiciones posibles.

Es este proceso el que aprovechamos ya que son de las reservas que produce la planta para asegurar la supervivencia del embrión de donde sacamos la harina de cereales o el grano de las leguminosas por ejemplo.

En botánica, un embrión es el rudimento de la planta adulta, en estado de vida latente o letargo, formado tras la fecundación de la oósfera. La doble fecundación de las angiospermas da lugar al desarrollo del embrión y del endospermo, el tejido nutricional del embrión durante la germinación.

n el embrión pueden reconocerse diferentes estructuras, algunas de las cuales van a dar lugar a las distintas partes de la planta adulta. Así, podemos encontrar la plúmula o gémula que producirá las primeras hojas; la radícula, que formará la raíz primaria y el talluelo que dará origen al tallo de la plántula. Por otro lado, el embrión posee uno o varios apéndices laterales llamados cotiledones, que son hojas modificadas. Estas estructuras están relacionadas con la nutrición del embrión dentro de la semilla y, en algunos casos, tienen la función de realizar fotosíntesis para alimentar a la planta una vez que germina hasta que las primeras hojas puedan sostener su desarrollo. La unión entre el embrión y los cotiledones se da por el nudo cotiledonal.