La estructura política, jurídica y administrativa del imperio se organizó siguiendo tres niveles: las dependencias con sede en la metrópoli, las instituciones que administraban las colonias y los organismos políticos de administración local y regional.
En 1524, se creó el Supremo y Real Consejo de Indias, máxima instancia o tribunal jurídico administrativo, y principal órgano asesor del monarca. El Consejo de Indias llegó a tener una amplia gama de funciones, entre otras: crear las audiencias (órgano administrativo de las colonias), fiscalizar las finanzas, proponer al rey el nombramiento de funcionarios, asesorar al rey en la creación de leyes; como tribunal de justicia, debió atender las apelaciones contra fallos de las autoridades establecidas en América.
Los asuntos mercantiles fueron encargados a la Casa de Contratación de Sevilla, organismo responsable de regular y controlar el comercio con las colonias. Además, regulaba el tránsito de europeos y españoles hacia las colonias. Con el tiempo la Casa de Contratación fue perdiendo importancia porque dependía del Consejo de Indias y porque empezó a atender los intereses particulares de los comerciantes de la sede, Sevilla.
La monarquía española regulaba la administración y el control de las colonias con la expedición de normas y leyes de carácter jurídico. Las principales disposiciones jurídicas fueron las Cédulas Reales, que juzgaban u ordenaban algún aspecto particular. Además, existieron disposiciones que agrupaban varias leyes o decretos, como las provisiones y las ordenanzas. Por ejemplo, las Leyes Nuevas de 1542 era un conjunto de normas encaminadas a proteger a las poblaciones indígenas; las Ordenanzas de la Población, promulgadas por Felipe II en 1573, intentaron organizar el poblamiento y la conquista, así como la conformación de los centros urbanos hispánicos.
El problema que se evidenció desde el comienzo era que las regulaciones jurídicas no siempre reflejaban la compleja realidad de las colonias. Además, los españoles y los criollos en las colonias siempre intentaron burlar estas disposiciones, pues consideraban que tales disposiciones iban contra su poder y sus intereses. Debido a estos factores, existió una gran distancia entre el derecho y el hecho en la aplicación de justicia.
Instituciones políticas en las colonias.
Las instituciones y cargos para administrar las colonias tenían el propósito de fortalecer la presencia y ejercer control por parte de la corona. De esta manera, el virreinato representó la máxima institución administrativa y jurídica en las colonias. El virrey, cabeza del virreinato, se concentraban cinco funciones que podían delegar en algún funcionario: gobernador (función política), capitán general (función militar), presidente de la Real Audiencia (función legislativa y judicial), superintendente de la Real Hacienda (función económica y fiscal) vice patrono de la iglesia (función que regula las relaciones entre la administración colonial y la iglesia).
La real audiencia era en las colonias el máximo tribunal encargado de legislar, administrar y aplicar justicia; además, se hacía cargo de la administración en la ausencia del virrey. Los miembros de la Real Audiencia eran conocidos como oidores y actuaban en su calidad de jueces.
Así mismo, la Corona implantó las visitas y los juicios de residencia, como de vigilar, controlar, juzgar y penalizar si era el caso, el desempeño administrativo de los funcionarios reales de indias. De esta manera, se repararon abusos de autoridad e incumplimiento de normas legales.
Respecto a la autoridad eclesiástica, los altos jerarcas de la iglesia recibieron del rey delegaciones administrativas que les posibilitaba ser virreyes, visitadores y jueces de residencia. Las relaciones entre la monarquía y la iglesia estaban gobernadas por el Regio Patronato indiano, donde el monarca supeditó a la iglesia a su voluntad política, pero respetando y favoreciendo su labor apostólica.
La administración provincial y local.
La administración colonial también se manifestó en el plano provincial y local. Aunque el virrey era nombrado como gobernador general, se designaron gobernadores provinciales con funciones principalmente militares y de defensa. Los alcaldes mayores eran funcionarios de carácter municipal en las ciudades principales y provincias subordinadas que, además, contaban con funcionarios auxiliares y tenientes de justicia o asesores letrados. La ciudad colonial estaba gobernada por el cabildo, el cual se componía de regidores.