1
1. En una matriz de programación dinámica para alineamiento local, teniendo en cuenta una
penalización por gap de -8, y utilizando una matriz de puntuación cuyo término más alto es 17, ¿cuál
será el valor del término de una celda que tenga en las celdas superior, izquierda y superior izquierda,
respectivamente, los siguientes valores: 6, 7, -18?
2
2. En una matriz de programación dinámica para alineamiento global, existe una celda que
corresponde a la coincidencia de dos aminoácidos, la cual, según la matriz de puntuación utilizada,
posee un valor de 16. Teniendo en cuenta una penalización por gap de -8, ¿cuál será el valor del
término de esa celda si las celdas superior, izquierda y superior izquierda, respectivamente, poseen
los siguientes valores: 6, 7, -19?
3
3. En una matriz de programación dinámica para alineamiento semiglobal, existe una celda que
corresponde a la coincidencia de dos aminoácidos concretos en la primera posición del alineamiento
de dos secuencias. Teniendo en cuenta que existe una penalización por gap de -2, ¿cuál será el valor
del término de esa celda?
4
Se han obtenido varios contigs que cubren por completo un genoma. Dichos fragmentos son de
los siguientes tamaños, en Kbp: 440, 330, 320, 310, 205, 205, 144 y 46. ¿Qué tamaño en Kbp
corresponde al N50?
5
Si en una secuencia de 100 residuos se han predicho bien 25, ¿Cuál es el Q3 de la predicción?
6
6. Elegir las palabras que completen correctamente el siguiente enunciado: Para obtener árboles
filogenéticos _____________ de acuerdo a métodos bayesianos, se emplea ____________,
mientras que para obtener árboles filogenéticos ______________ de acuerdo a métodos de
___________., se emplea __________
7
Elegir las palabras que completen correctamente el siguiente enunciado: Si, tras una __
de ADN, el fragmento intermedio entre dos se corresponde alguna otra lectura, todas
estas lecturas se encuentran en el mismo ___________________
8
Elegir las palabras que completen correctamente el siguiente enunciado: Si quiero obtener la
secuencia de un fragmento de ___________ Kbp mediante secuenciación Sanger necesariamente
tendré que _____________ posteriormente
9
Elegir las palabras que completen correctamente el siguiente enunciado: Para secuenciar un
fragmento largo de ADN, cuando se carece de ___________ necesariamente hay
que ___________________
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¿Cuáles de estos datos de entrada no son imprescindibles para generar árboles filogenéticos aditivos a partir de secuencias de nucleótidos? 1.Alineamientos curados
2.Parámetros de cuantificación de tiempo
3.Parámetros de la distribución gamma
4.Modelo evolutivo
11
Cuáles de estas características ha de tener habitualmente un cebador para ser usado en una PCR de punto final?
1.Temperatura de anillado menor a la de elongación
2.Elevado contenido en pares CG
3.Menos de 30 nucleótidos
4.Más de 15 nucleótidos
12
¿Cuáles de estas características ha de tener idealmente un buen barcode para identificación de especies de hongos?
1.Alta distancia genética interespecífica
2.Baja distancia genética intraespecífica
3.Pocas repeticiones
4.Muchos intrones
13
Relacione cada uno de estos programas bioinformáticos (números) con funciones
14
Relacione cada uno de estos procesos moleculares (números) con los efectos teóricamente más
frecuentes (letras):
15
Relacione cada una de estas matrices (números) con sus objetivos (letras):
16
¿Cuál fue el principal aporte de Margaret Dayhoff a la bioinformática?
17
En el alineamiento de secuencias, ¿cuál es la principal función de las matrices de sustitución
como PAM y BLOSUM?
18
El método de secuenciación desarrollado por __________ en 1977 permitió leer fragmentos de
ADN mediante el uso de una polimerasa.
19
En bases de datos bioinformáticas como GenBank, cada secuencia está identificada por un
número de __________.
20
Ordene los pasos típicos en el proceso de obtención y anotación de un genoma
21
Qué término se utiliza para describir aquellas secuencias homólogas que se encuentran dentro
de una misma especie y cuya similitud es atribuible a la descendencia de un gen común que se ha
duplicado?
22
Ordena cronológicamente los siguientes hitos históricos en el desarrollo de la Bioinformática,
desde el más antiguo hasta el más reciente
23
La matriz de puntuación final utilizada en el alineamiento de secuencias proteicas (como PAM o
BLOSUM) se basa en la fórmula 𝑠𝑎,𝑏 = x𝑙𝑜𝑔𝑦 (
𝑃𝑎,𝑏
𝑞𝑎𝑞𝑏
)El cálculo compara la probabilidad de sustitución
observada 𝑃𝑎,𝑏 con la probabilidad de sustitución por azar 𝑞𝑎 𝑞𝑏 y el resultado se conoce como el
puntaje de __________________.
24
Seleccione la opción que contiene únicamente herramientas de software que se utilizan en la
etapa de cuantificación de transcritos o abundancia de isoformas en un proceso de análisis de RNASeq.
25
26. Los siguientes términos se refieren a modelos matemáticos y enfoques metodológicos utilizados
en el análisis filogenético de secuencias de nucleótidos
26
Complete la siguiente frase:
El término *bioinformática* se refiere al uso de __________ y __________ para el análisis de datos
biológicos, con el fin de comprender la __________ y la __________.
27
¿Cuál de las siguientes afirmaciones describe correctamente un buen DNA barcode?
28
Relacione el término con su descripción
29
Ordene correctamente algunos de los pasos del flujo de trabajo típico en un ensamblaje de novo de genomas:
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Test your knowledge about the 5 seeing habits discussed in the text 'UPS 5 seeing habits'.