Para entender la historia de FNAF hay que remontarse a los orígenes de Fazbear Entertainment, a una serie de tragedias que comenzaron mucho antes de los juegos que conocemos. Todo gira alrededor de William Afton, Henry Emily y una cadena de sucesos que terminó con niños desaparecidos, animatrónicos poseídos y décadas de misterio. Todo empieza con dos socios: William Afton y Henry Emily. Juntos crean un pequeño restaurante llamado Fredbear's Family Diner, con dos animatrónicos especiales: Fredbear y Spring Bonnie.William comienza a asesinar niños. Su primera víctima importante es Charlotte (Charlie), la hija de Henry. Tras morir, su alma posee a Puppet (la Marioneta), quien más tarde ayudará a otras almas a poseer animatrónicos. William también tiene hijos. Uno de ellos, conocido como el Crying Child (Niño que Llora), le tiene miedo a los animatrónicos. En 1983, durante su cumpleaños, su hermano mayor y sus amigos le gastan una broma colocándolo en la boca de Fredbear. El mecanismo falla y le aplasta la cabeza: es la famosa Bite of '83. Más adelante, William asesina a varios niños usando el disfraz de Spring Bonnie para atraerlos. Estos niños terminan poseyendo a Freddy, Bonnie, Chica, Foxy y Golden Freddy. A partir de ahí comienzan los sucesos paranormales que caracterizan la saga. El hermano mayor del Niño que Llora es Michael Afton. Al darse cuenta de los crímenes de su padre, intenta arreglar el daño causado. En los acontecimientos de Sister Location, Michael busca a su hermana Elizabeth. Sin embargo, Elizabeth había muerto años antes al acercarse demasiado a Circus Baby, un animatrónico creado por William para capturar niños. Su alma termina dentro de Baby. Michael es atacado por los animatrónicos, que usan una entidad llamada Ennard para vaciar su cuerpo y utilizarlo como disfraz humano. Sorprendentemente, Michael sigue vivo. Con el tiempo, William regresa a una antigua pizzería para destruir los animatrónicos poseídos. Al hacerlo, libera a las almas, pero estas lo acorralan. Intentando escapar, William se pone el viejo traje Spring Bonnie. Debido a la humedad y al mal estado del traje, los mecanismos internos se activan y lo atraviesan. Así nace Springtrap, uno de los personajes más famosos de la saga. Décadas después, se abre una atracción de terror basada en las leyendas de Fazbear. Allí aparece Springtrap, que en realidad sigue siendo William atrapado dentro del traje. Al final ocurre un incendio, aunque William sobrevive. Henry prepara una trampa definitiva. Reúne en un mismo lugar a Springtrap, Baby, Puppet y otros animatrónicos poseídos. Cuando todos están dentro, prende fuego al edificio. Henry busca liberar a las almas y acabar con William para siempre. Michael también muere allí, aceptando su destino. Muchos fans interpretan que William queda atrapado en una especie de infierno personal donde es torturado una y otra vez por las almas de sus víctimas, especialmente por la entidad asociada a Golden Freddy. Años después, la empresa construye el enorme Mega Pizzaplex. Aquí aparece un nuevo gran misterio: el Mimic, una inteligencia artificial capaz de copiar comportamientos y personalidades. Las historias más recientes sugieren que muchas cosas atribuidas al regreso de Afton podrían estar relacionadas con esta entidad. El protagonista Gregory y otros personajes intentan detener las nuevas amenazas surgidas en el Pizzaplex.